Nel Parco sono presenti due bacini lacustri: il lago della Stua, in Val di Canzoi (Comune di Cesiomaggiore), e il lago del Mis, nell’omonima valle (Comune di Sospirolo).
Si tratta di invasi artificiali realizzati a scopo idroelettrico e costituisco importanti elementi del paesaggio, soprattutto il lago del Mis che si sviluppa per circa 4 Km lungo la valle e costituisce oggi una classica meta estiva domenicale.
La loro presenza contribuisce inoltre ad aumentare la diversità faunistica, basti pensare alla sua importanza per i pesci e per gli anfibi che nelle acque dei laghi si riproducono.
Alcune specie di uccelli gradiscono particolarmente questi ambienti; i germani reali, ad esempio, svernano nel lago del Mis.